La Reconquista de la zona, hasta entonces bajo dominio musulmán, la realiza el Reino de León, que surge a partir del Reino de Asturias de Don Pelayo y del que luego se subdividirían y/o desgajarían el Condado de Castilla, el Reino de Galicia y el Reino de Portugal. La repoblación de las tierras conquistadas llevada a cabo por los reyes leoneses planteó una disposición muy distinta de la actual, basando su desarrollo en el modelo repoblador gallego, que consistía en disponer muchas aldeas de pequeño tamaño y muy próximas entre sí, esquema que a la larga hizo insostenibles económicamente a muchas de ellas. En documentos de 1265 están registradas «Simirera», «Aveto» o «Robredo de las Casas» (posteriormente «Robredo de Santo Domingo»). En los siglos XIV y XV existieron con parroquia propia las de «Quadrilleros» (en Corporario de la Ribera), la de «Alcornocal» (próxima al Teso Alcornoque de Aldeadávila) y la de «La Revilla de Aldeadávila», que fueron abandonadas hacia los siglos XVII y XVIII. Finalmente perduraron hasta el siglo XIX las de «La Verde» (o «Santa Marina») y la de «Robredo de Santo Domingo». Gracias a los esfuerzos de vecinos de pueblos como Aldeadávila de la Ribera y La Zarza de Pumareda se están empezando a rescatar restos medievales de tumbas y ermitas.⁵​

La historia nos cuenta que Pereña, al igual que el resto de las localidades salmantinas fronterizas con Portugal y ribereñas del Duero, perteneció al concejo de Ledesma durante la Edad Media, habiendo sido representado por sus señores medievales o de realengo en las Cortes del Reino de León de 1188, consideradas la cuna del parlamentarismo a nivel mundial.

El primero, o uno de los primeros documentos históricos que se conservan, en los que aparece nombrada Pereña, data de 1265, copia documental de 1345, en el que se refiere por parte de la «Yglesia catedral de la ciudad de Salamanca» al préstamo para la construcción de la iglesia de «Perenna», Bidola, Penalfange, Massoco y otras poblaciones de la zona.

En 1262 el lugar es donado por Alfonso X el Sabio, como Señorío, a Martín Alfonso, un hijo de Alfonso IX de León. Posteriormente, en documentos de la celebración de las Cortes de Castilla y León el día 22 de julio de 1315 en Burgos, se nos dice que los representantes de la villa de Ledesma piden la restitución al concejo, con todos sus derechos, de las aldeas de Dieza -Mieza de la Ribera-, Aldea d’Avila -Aldeadávila de la Ribera-, Darios -Corporario-, Cabeza de Furamontanos -Cabeza de Framontanos-, Penna -Pereña de la Ribera- y Villarino de Arias -Villarino de los Aires-, algo a lo que la regencia del futuro rey Alfonso XI accede. Las Cortes de Valladolid de 1322, ya muerto el infante Pedro, confirman el traslado de la comarca de La Ribera de nuevo al concejo de Ledesma. Estos antiguos textos nos hacen pensar que estas aldeas fueron fortificadas en dicha época, para evitar nuevas ocupaciones portuguesas como las que realizó en 1296 el rey Dionisio I de Portugal, que ocupó hasta Simancas (Valladolid) y se anexionó posteriormente toda la comarca de Ribacoa.

Su nombre se indica como «Penna» o «Perenna» en las Cortes de Burgos y de Valladolid de 1313, 1315 y 1322, por lo que podría tratarse de la «Penna» que reconquistó y repobló Ramiro II de León en el siglo X y que no ha quedado claro de qué localidad se trata. La torre del campanario, es de los mejores ejemplos de reutilización de un castillo medieval, puesto que no se demolió y puede admirarse claramente la estructura rectangular y bellamente embellecida en la balconada. Se observa la puerta primitiva cegada, no así los ventanales, por lo que podría tratarse de un alcázar de la época del infante Pedro. Hubo castillos importantes en Vilvestre, Barruecopardo (anterior a 1212), Mieza de la Ribera, Masueco y Aldeadávila de la Ribera. Durante los reinados de Alfonso XI, Pedro I y Enrique II, el territorio de las Arribes del Duero vuelve a señorializarse y a tener sentido militar. Es donado a una sucesión de infantes bastardos y futuras reinas y reyes, entre ellos al infante Fernando Alfonso y a la reina Leonor de Alburquerque que se casa con Fernando I de Aragón en 1393, uniendo su señorío al de las «cinco villas».⁷​

La expulsión de los judíos tuvo aquí una de sus historias más importantes en 1480: «Igualmente los justicias de Ledesma recibieron orden de ir a Pereña, o donde fuera necesario, para prender a Pedro de Miranda, que era pasador de los judíos fuera de los caminos señalados, y a García de Ledesma, y a Pedro Herrero, quienes habían intentado matar a Alonso de Sejas, encargado de que se cumpliera la salida de los judíos por los caminos estipulados para tal cosa en el término de la mencionada villa -Ledesma- y en Vilvestre». El cronista Pulgar nos dice también que la Reina Isabel mandó detenerle en 1481 y ajusticiarle: «Cuarenta y seis fortalezas fueron derribadas entonces, y veinte más tarde: ajusticiados como principales malhechores Pedro de Miranda y el mariscal Pero Pardo…». Poco después comienzan las obras para reconvertir la fortaleza de Pereña en iglesia. El desarrollo económico y demográfico de esta época se vio favorecido por Enrique IV al dictar en 1465 la exención de impuestos en el concejo de Ledesma, así como a partir de 1530 con el retorno de parte de los judíos conversos portugueses, que se dedicaron al comercio de tejidos y a los estancos de variados productos.⁸​

La comunicación de la parte norte de la comarca histórica de La Ribera con Ledesma y Salamanca, siempre fue a través del puente de Masueco, en la ruta L-5 que unía Ledesma con Aldeadávila y el convento de La Verde, ruta que atrajo población y peregrinos jacobeos, algo que ha quedado reflejado en el estilo arquitectónico isabelino, principalmente en Pereña y Masueco.

Con la división territorial de España de 1833 en la que se crean las actuales provincias, Pereña queda encuadrada dentro de la Región Leonesa, formada por las provincias de León, Zamora y Salamanca, de carácter meramente clasificatorio, sin operatividad administrativa, que a grandes rasgos vendría a recoger la antigua demarcación del Reino de León (sin Galicia ni Asturias).​